Wraz z rozbudową osiedli w Nowym Sączu i wzrostem zapotrzebowania na energię cieplną kotłownia Milienium I przestała zaspokajać te zapotrzebowanie. W roku 1977 zaczęto budować kotłownię MII. Kotłownia budowy segmentowej pozwalała na dokładanie kolejnych kotłów w zależności od potrzeb, dołączając do instalacji kolejne takie same rozwiązania(segmenty). Zaprojektowano w tej kotłowni kotły WR10 dwukrotnie większe jak na pierwszej kotłowni. Pierwszy kocioł został oddany w roku 1979, kolejne dwa kotły powstały w roku 1980 i dwa w 1981. Kotłownia rozrastała się wraz z Miastem, ostatni segment kotłowni powstał w 1984 roku lecz wybudowano jedynie podejście technologiczne i część części ciśnieniowej. Kocioł nie został ukończony ze względu na spadek zapotrzebowania na energię cieplną wywołany termomodernizacją budynków, jak i zaczęto zwracać uwagę na oszczędności energii. Kotłownia została wyposażona w szereg udogodnień i nowoczesny jak na owe czasy system uzdatniania wody. Początkowo kotłownie pracowały naprzemiennie, latem kotłownia MI na potrzeby CCW natomiast zimą kotłownia MII na potrzeby CCW i CO. Nie można było pracować na obu kotłowniach jednocześnie gdyż ciśnienia czynnika roboczego wykluczały to. Przełączenia kotłowni niosły za sobą duże uderzenia hydrauliczne z uwagi na różne niezależne technologie i duży czas zwłoki potrzebny na uzyskanie odpowiednich temperatur na sieć. Później połączono kotłownie jedną technologią co umożliwiło zwiększenie mocy całego zespołu kotłowni Milenium o moc kotłowni MI. Z czasem wraz z pojawianiem się nowości na rynku ciepłowniczym i udogodnień kotłownia została wyposażona falowniki i systemy automatycznego wspomagania sterowania kotłów. Zwiększono również moce wszystkich kotłów do 12MW wykorzystując ekonomizery i zwiększając powierzchnię wymiany ciepła już w komorze paleniskowej. Obecnie kotłownia posiada pięć kotłów WR12 w tym dwa kotły w nowoczesnej technologii na ścianach gazowo szczelnych, automatyczny system uzdatniania wody wykorzystujący odwróconą osmozę, nowoczesny system oczyszczania spalin wykorzystujący filtrację tkaninową i mechaniczną która spełnia wysokie standardy emisji.
